平安時代、貴族の別荘地だった伏見は、豊臣秀吉の伏見城築城をきっかけに城下町として発展し、商業と交通の一大拠点となった。その伏見の町を監督するために徳川幕府は寛永元年（1624年）に伏見奉行所を設置した。

寺田屋に投宿していた坂本龍馬を捕縛するために出動したのは、伏見奉行所の手勢である。

鳥羽伏見の戦いでは旧幕府軍の拠点となった。一方、薩摩軍を中心とした新政府軍は伏見奉行所から150メートル離れた御香宮神社に本営を置いた。戦いが始まると新政府軍からの激しい攻撃を浴びて奉行所は炎上。旧幕軍側は敗走した。