安政5年（1858年）6月に日米修好通商条約が結ばれて横浜が開港すると、宣教師たちが続々と来日しはじめた。しかし当時はまだキリスト教は禁止されていた（外国人居留地で外国人の信教の自由は認められたが、日本人がキリスト教を信じることは禁じられたままだった。公式に禁教が解かれたのは明治6年(1873年)になってからである）。

そのため、彼らは医師や語学教師などとして日本での活動を始めた。アメリカ人宣教師のヘボンはニューヨークで開業医をしていたが、日本が開国したことを知ると、家屋敷も病院も売り払って妻とともに来日し、神奈川診療所を開設して日本人患者の治療を行った。のちに開いた男女共学のヘボン塾は、明治学院大学の前身となった。ヘボンはヘボン式ローマ字を考案したほか、日本最初の和英辞典「和英語林集成」を編纂したことでも知られる。